Hijo de Ergino (rey de Orcomeno), aunque se decía qwe el verdadero padre era Apolo.
Era un célebre arquitecto Trofonio y su hermano Agamede, se habían hecho famosos por la construcción de cuevas, criptas y cámaras para tesoros. Construyerton una habitación en la casa de Anfitrion (Tebas), el templo de Apolo (Delfos), la cámara del tesoro de Augias (Elide), la cámara del tesoro del rey Hirieo (Hiria) y el templo de Poseidón (Arcadia), entre otros
Cuando construyeron el templo de Apolo, pidió un recompensa al dios. La Pitia, le dijo que esperara ocho días, que los hermanos destinaron a fiestas y banquetes. Pasados los ocho días, fueron encontrados muertos o según otra leyenda, se los había tragado la tierra.
Durante la sequía que asoló Beocia, Apolo aconsejó a la población que buscaran a Trofonio, que se hallaba escondido en una cueva y les daría una respuesta. Lo encontraron, siguiendo a un enjambre de abejas y Trofonio, les dio consejos de como superar el desastre. Desde entonces, Trofonio fue considerado hijo de dios Apolo y su cueva se convirtió en uno de los oráculos más famosos de Grecia, siendo honrado como un dios.
La construcción de la cámara del tesoro de Hirieo, fue su desgracia. Cuando la construyeron dejaron suelta una piedra, que podía quitarse y colocarse desde afuera, Poco a poco fueron robando el tesoro del rey. Éste se dio cuenta de que su riqueza iba menguando y decidió averiguar que pasaba, ya que nadie había tocado las llaves ni los sellos. Colocó una trampa para descubrir al ladrón.
Agamade cayó en una de ellas, cuando volvieron al cabo de unos días para cometer el hurto. Trofonio, al ver que no podía liberar su hermano, para que no lo torturaran y acabara delatándole, le cortó la cabeza.
Para el final de esta leyenda hay dos versiones: una de ellas dice que allí mismo, en el bosque de Lebadia, la tierra se abrió y se lo tragó; otra que huyó con la cabeza de su hermano y desapareció en una cueva.
Nunca más se supo de él, pero continuó ese lugar para siempre, como oráculo