Hijo primogénito del adivino Anfiarao y de Erifilia. Tiene por hermano a Anfíloco.
Ésta, que codiciaba el collar de Harmonía, incitó a su marido a tomar parte en la campaña contra Tebas. Anfiarao, como adivino, sabía que iba a morir y confió a sus hijos la misión de vengarlo, matando a su madre, cuando hubieran llegado a ser hombres.
Alcmeón participó en la campaña de los Epígonos en calidad de jefe que un oráculo les había prometido que ganarían si Alcmeón se ponía al frente. Pero éste no tenia ninguna prisa, hasta que su madre , que también codiciaba el vestido de Harmonía, acabo por persuadirlo. Después de su victoria Alcmeon fue a interrogar al oráculo sobre la misión que le había encomendado su padre de dar muerte a su madre. El oráculo le respondió que tenía que llevarlo a cabo, pues Erifilia se había dejado sobornar para conducir a su esposo a la perdición y que había intentado lo mismo con respecto a su hijos. Alcmeón dio muerte a su madre, cumpliendo así la misión encomendada por su padre
Perseguido por las Erinias, huyó primero a casa de su abuelo en la Arcadia y luego a Psofide, cuyo rey, Fegeo, lo purificó y le dio en matrimonio a su hija Alfesibea, a quien Alcmeón regaló el collar y el vestido de Harmonía. Psófide fue castigada con la esterilidad. El oráculo ordenó que para anular la maldición, Alcmeón debía marcharse para ser de nuevo purificado acudiendo esta vez al dios río Aqueloo. Para llegar allí, primero fue a Calidón, a la morada de Enero, quien lo recibió común huésped; a continuación en Epiro ,los tesprotos lo expulsaron del país; Al fin encontró la desembocadura del río Aqueloo, en unos terrenos de aluvión formados después del asesinato de su madre, donde el dios río lo purificó y se casó con Calirroe, la hija de Aqueloo. Ésta como regalo y como condición para vivir con él, pidió el collar y el vestido de Harmonía.
Volvió a Psofide y engañó a Alfesibea, para que le devolviera los regalos, poniéndole como excusa que los tenía que consagrar a Apolo, para obtener el perdón definitivo de los dioses por el asesinato de su madre. Fegeo, autorizó a su hija para que le devolviera los regalos, pero un criado descubrió en engaño y lo reveló a su señor, que indignado ordenó a sus hijos que le dieran muerte.