Héroe, natural de Magnesia (Tesalia), hijo de Peante y Demonasa.
Fue uno de los pretendientes de Helena y marchó en la expedición contra Troya, al mando de siete naves . Tuvo la desgracia de ser mordido, en el pie, por una serpiente venenosa. Odiseo, aconsejó a los demás griegos que lo abandonaran, cosa que hicieron, pues era insoportable el hedor que producía la herida y los terribles gritos de dolor que Filoctetes profería.
Otra versión explicaba que la herida fue producida por una flecha envenenada que le cayó en el pie, desde su carcaj. Esto se explicaba como una venganza de Heracles, Heracles le pidió a Peante padre de Filoctetes, que le prendiese fuego a la pira y a cambio le regaló su arco y flechas (envenenadas), que heredó Filotectes.
Foloctetes hizo el juramento de no revelar el lugar de la muerte de Heracles, que rompió cuando un día no pudo resistir la tentación de contestar a las peguntas que le hacían y sin mediar palabra, señaló con el pie, el lugar exacto. Pie en el cual , Heracles le infligió la herida.
Marchó a Lemos, donde pasó diez años, mientras seguía la lucha en Troya. Heleno, adivino, reveló que la ciudad solo sería tomada con el arco de Heracles. Para convencer a Filoctetes, de que volviera a la lucha, Odiseo con Neptolemo o Diomedes, viajaron a Lemos y lograron convencerlo, ofreciéndole la curación de su pie por parte del médico Macaon. Filoctetes accedió e intervino en la guerra, matando a Paris y entrando en Troya con el caballo de madera. Después regresó a su patria.
Posteriormente fundó diversas ciudades de Italia; se le incluía en el catálogo de los Argonautas.
Murió en un combate en el que ayudaba a los Rodios.